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南京大学学生团队在第二届合成生物学竞赛·创新赛中荣获大奖

 8月5日,由中国生物工程学会合成生物学分会主办的第二届合成生物学竞赛·创新赛在深圳理工大学(筹)明珠校区举办了现场答辩及颁奖典礼。本次活动吸引了来自全国(含港澳)48所高校共80支队伍合计超400人线下参赛,线上线下超421万人次观赛。经过历时近半年的激烈角逐,我校董昊教授课题组的张一健(化院19本、匡院23硕)、陈子川(匡院19本)和臧敏(匡院21硕)等三位具有化学和计算机学科背景的同学组成的南京大学“m-RNA”团队最终以总分第一的成绩荣获蛋白设计赛大奖(金奖)。

 本次比赛中,赛事主办方提供了蛋白质信息,包括氨基酸序列、6个候选突变位点、待优化的目标性能和性能测量方法、以及数千条序列-性能数据。选手需在206=6400万的突变空间中预测出96条具有更高活性和选择性的蛋白质序列。所有参赛序列均由合成生物大设施进行构建和测量,并根据序列的表现进行排名评分。“m-RNA”团队基于“数据驱动”和“知识驱动”相结合的思路开展蛋白质设计。一方面,团队使用生成对抗网络(GAN)对高性能序列进行模仿,并训练多层感知机(MLP)进行性能预测;另一方面,团队采用“粗粒化”的思路对20种天然氨基酸进行降维处理以缩小搜索空间。这两种模型互有优势:GAN生成的序列和训练数据具有较短的遗传距离和较高的可信度,而粗粒化方法辅助的MLP预测模型则能够通过遍历搜索空间而更容易搜索到高性能序列,不受训练序列数据的遗传距离限制。最终,经赛事主办方的实验验证,“m-RNA”团队基于上述思路产生并提交的96条序列在所有参赛队伍的结果中总评分排名第一。

 合成生物学创新赛由深圳理工大学(筹)合成生物学院、中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所、深圳合成生物学创新研究院、北京大学定量生物学中心、香港大学生物医学学院、中山大学生命科学学院、华中科技大学生命伦理学研究中心、“一带一路”国际科学组织联盟(ANSO)、深圳市科学技术协会、光明区委区政府等30家单位联合发起并支持,旨在为青年学生提供一个交流学习、创新、创智、创造的平台,为合成生物学、生命科学、交叉学科培养后备生力军。

 开元体育 一直专注于培养基础学科拔尖领军人才,倡导本科生开展早期科研训练,鼓励他们在学科交叉领域深入探索、大胆创新。学院浓厚的学术氛围使得参加科研训练成为了同学们常态化的学习方式。学院教师也积极开展本科生科研训练的指导工作。近年来有多名本科生陆续取得一系列有显示度的科研成果,例如在国际顶级学术期刊PNAS、JACS、Angew Chem等发表第一作者论文、在全国乃至国际上重要的学科和科研竞赛斩获优异成绩、申报国家级科研项目等。学院将继续提供更坚实的资源支持和更广泛的科研平台,切实增强同学们的核心竞争力,以培养更多具有创新精神和领导能力的基础学科拔尖领军人才。

点击次数:10 更新时间:2023-08-08【打印此页】【关闭】